Полученные с помощью экспериментально-гистологического анализа данные служили главным, но не единственным источником, послужившим Хлопину для построения классификации гистологических структур позвоночных. Эти данные он сопоставил с данными сравнительной анатомии, эмбриологии и механики развития. Выделенные им типы тканей объединяли родственные гистологические структуры. Тип энтеродермальных тканей объединил производные средней части вторичной кишечной трубки зародыша, тип эпидермальных тканей — производные кожной эктодермы, зачатков переднего и самого заднего участка кишечной трубки зародыша, нейральный тканевой тип — производные нервной пластинки и плакод. В особый тканевой тип была выделена мускулатура соматического типа, которая филогенетически связана с эктодермой предков позвоночных, а в онтогенезе возникает из участков мезодермы — миотомов. У высших позвоночных были выделены еще два тканевых типа — целодермальный и нефродермальный; у низших позвоночных различия между ними оказываются сглаженными. Последнее обстоятельство позволило Хлопину говорить о генетически едином целонефродермальном тканевом типе, дивергентно развивающемся в различных направлениях. Ткани целонефродермального тканевого типа позвоночных он в соответствии с энтероцельной теорией целома связал с энтодермой, а эпидермальный и нейральный тканевые типы — с эктодермой отдаленных предков. Мезенхиму Хлопин отказался считать филогенетически единым зачатком. Филогенетическую систему тканей позвоночных Хлопин считал достаточно универсальной, утверждая, что она во многих своих частях может быть распространена и на различных беспозвоночных. При этом он оговорился, однако, что в отношении тканей беспозвоночных еще остается много неясного.