Этот вид параллелизма охватывает особенности, свойственные уже высшим категориям системы. Лишь первая категория параллелизмов непосредственно связывается с генотипом. Для анатомического и гистологического параллелизма такая связь отрицается. Филипченко не разделял широко распространенную в этот период точку зрения, согласно которой все особенности организма обусловливаются генотипом, генами. Он придерживался того, как мы теперь знаем, неверного мнения, будто гены представляют собой лишь те особенности, которые отличают друг от друга особей одного вида или довольно близких друг к другу видов, тогда как особенности высших категорий системы (так сказать родового характера ) скрыты не в ядре, а в протоплазме и, значит, с генами не имеют ничего общего. Подтверждение этому Филипченко искал прежде всего в данных механики развития. Далее он ссылался на отсутствие доказательств в пользу того, что признаки высших систематических категорий обусловливаются теми же генами, что и признаки видовые и родовые. Таким образом, в 20-х годах, когда А. А. Заварзин формулировал свой принцип параллелизма гистологических структур, проблема параллелизма испытывала противоречивое влияние со стороны разных областей биологии — генетики, механики развития, морфологии. Отчасти трудности были связаны с положением, которое сложилось в эти годы в генетике. Несмотря на быстрый прогресс, эта молодая наука, естественно, была не в состоянии дать немедленный ответ на массу вопросов, относящихся одновременно и к теории эволюции, и к теории наследственности. Сближение генетики и дарвинизма затронуло вначале сердцевину теории эволюции — теорию естественного отбора. Чисто морфологическая трактовка многих эволюционных вопросов уже перестала удовлетворять многих биологов, однако генетика еще не в состоянии была помочь морфологическим дисциплинам глубже проникнуть в сущность многих процессов развития органического мира. К числу таких процессов относились параллелизм.