При сравнении плана строения простейшего с планом строения отдельной тканевой клетки и целого организма многоклеточных Беклемишев отдавал предпочтение сравнению эргатомов, а не ядерных аппаратов и считал возможным приравнивать инфузорию не отдельной мышечной или эпителиальной клетке коловратки, а целому организму этого животного. Этот очень широкий сравнительный подход, допущение столь широких параллелей, следует рассматривать как реакцию на слабое знание морфологии клетки в тот период, а еще точнее,- на недостатки сравнения, основанного на клеточной теории, под которыми подразумевалась чрезвычайная бедность понятия клетки, план которой вмещает лишь небольшое число необходимых частей — ядро, цитоплазму, клеточный центр, и притом весьма просто расположенных друг относительно друга. Единство строения, общность структурного плана, которые еще недавно служили блестящими аргументами в пользу единства происхождения органического мира, неожиданно превратились в препятствие на пути к пониманию эволюции тканевых и клеточных организмов (многоклеточных и одноклеточных, а также составляющих их элементов). Вероятно, именно эта бедность и универсальность клеточных структур сдерживала развитие эволюционного направления в цитологии. Новейшие представления о клетке, сформировавшиеся благодаря применению электронного микроскопа, методов цитохимии и молекулярной биологии, мало изменили ситуацию — внутренняя структура клетки оказалась столь же универсальной, хотя и более богатой, чем представлялось еще совсем недавно. Свой сравнительный подход Беклемишев сопоставил с принципом расщепления морфологических структур Заварзина. С точки зрения равнозначности простейшего целому многоклеточному выведение многоклеточности неизбежно должно происходить, по Беклемишеву, при помощи выдвигаемого Заварзиным (1923 г.) принципа морфологического расщепления. Подобный подход Беклемишев отверг.