Теория эволюции становится методом исследования, и Геккель оказался в числе первых, кто попытался использовать этот метод в новых для теории эволюции областях биологии. Новая методология была перенесена из области теории видообразования, анатомии, эмбриологии, палеонтологии в новые отрасли биологии. Такой перенос не мог быть простым актом, как это, по-видимому, представлялось старшему поколению дарвинистов. На этом пути оказалось много подводных камней, которых они, и в частности Геккель, еще не видели. Достаточно сослаться на отрицательные последствия неправомерную подмену принципа естественного отбора принципом борьбы частей в организме. Понадобилось несколько десятилетий, чтобы стало ясно, что простым перенесением основных положений дарвинизма в такие области биологии, как гистология, экспериментальная эмбриология, биохимия, физиология, невозможно продвинуть исторические исследования в этих областях настолько, чтобы вскрыть специфические закономерности эволюции в пределах различных уровней организации живого. Так возникла новая проблема эволюционизма — проблема приведения исторического метода в соответствие с объектом исследования. Именно эту проблему предстояло решить А. А. Заварзину и другим гистологам-эволюционистам, чтобы осуществить перестройку гистологии на основах дарвинизма. Первый опыт создания филогенетической системы тканей не встретил большого сочувствия. Далеко не все гистологи разделяли уверенность Геккеля в том, что биогенетический закон способен служить руководящим принципом и в гистологии. Позицию этой части гистологов выразил Эбнер Ссылаясь на факты микроскопического сходства в строении однотипных тканей у животных, относящихся к далеким систематическим группам (например, сходство поперечнополосатых мышц членистоногих и позвоночных или хрящевой ткани головоногих моллюсков, мечехвостов и позвоночных), он пришел к заключению, что биогенетический закон не может быть применен к тканям непосредственно.