Целеустремленно и настойчиво Н. Г. Хлопин и его школа шли к созданию естественной системы гистологических структур, основанной на филогенетическом принципе. По твердому убеждению Хлопина, различные ткани не представляют собой чего-то случайного, а являются звеньями определенных филогенетических рядов гистологических структур vi могут быть на основе своего вероятного эволюционного развития расположены в некоторую естественную систему, отражающую их генетические отношения друг к другу. Предварительные итоги усилий своей школы, направленных на создание филогенетической системы тканей, Хлопин подвел в 1940 г. Изучение целомической выстилки низших позвоночных показало строгую детерминированность мезотелия млекопитающих и фолликулярных клеток. Эти ткани Хлопин предположительно трактовал как ткани дивергентно развившихся представителей единого нефроцелодермального тканевого типа. К последнему он отнес также эпителий почек, яйцеводов и матки позвоночных. Анализ другой группы тканей — тканей нервной системы — привел к заключению, что структуры нейрального происхождения — это разновидности единого глиально-эпендимного тканевого типа, который возник у далеких предков хордовых из эпидермального покрова. Этими соображениями Хлопин и вынужден был ограничиться. Несмотря на богатый материал, накопленный школами Заварзина и Хлопина, общая картина филогенетических отношений разнообразных тканевых структур в начале 40-х годов XX в. еще не была выяснена с необходимой полнотой. Проблема естественной системы в гистологии была поставлена лишь в последнее время, поэтому она еще не может считаться разрешенной в общем виде и во всех деталях,- справедливо писал Хлопин. Но направление исследований было выбрано, и выбрано, по убеждению Хлопина, правильно. Школа шла одним из тех путей, которые в будущем сделают возможными построение новой естественной системы всех гистологических структур и создание новой гистологии, которая по праву займет самостоятельное и почетное место среди других биологических наук.