Естественную систему структур Беклемишев рассматривал как разрешение морфологической системы структуры. Такой системы,- по его словам, — не существует. Объясняется это тем, что внимание исследователей направлено на конкретный материал, обилие которого мешает им большей частью охватить конечные цели исследования. Естественная система структур должна представлять собой, по Беклемишеву, одновременно и морфологическое объяснение каждой из них, и описание их многообразия, а в конечном счете окончательное разрешение морфологической проблемы структуры, по крайней мере в ее современной постановке. Достижение этой цели возможно при двух условиях: во-первых, при сознательной постановке задачи создания естественной системы структур и правильном понимании значения подобной системы и, во-вторых, при осуществлении предварительной критики основных понятий учения о структуре. В биологии могут существовать, по Беклемишеву, системы двух типов: главная и частные. Главная система принимает во внимание все признаки организма — и форму и функцию. Частные системы учитывают лишь часть признаков; они легче осуществимы при ограниченном запасе знаний. Кроме того, поочередная систематизация отдельных сторон организма позволяет ближе проанализировать его природу, и, таким образом, данные отдельных частных систем входят в главную систему. Построение частных систем составляет задачу отдельных дисциплин. Такова предложенная Беклемишевым стратегия системного исследования в биологии. Она предполагала: познание системной организации — ее специфики, своеобразия; познание каждого структурного уровня живого; постепенное соединение знаний о каждом системном уровне в виде целостного знания об организме. Предпосылкой успешного познания элементарных компонентов структуры Беклемишев считал существование в организме многих элементов, которые имеют сходное строение и отличаются только положением.