Действительно, подчеркнув генеалогический характер аналогии, Дарвин вместе с тем указал, что в случаях аналогичных сходств (вроде электрических органов у различных рыб, органов свечения у насекомых, пыльцевых масс с клейкими дисками у орхидей и ласточниковых) наблюдается существенное различие в росте, развитии и строении зрелого признака органов. Цель достигается одна и та же, но пути ее достижения существенно различны. Таким образом, у Дарвина наметилось два подхода к явлению аналогии. Аналогия, по Дарвину, представляет собой приспособительное сходство признаков, указывающих в пределах класса на общность происхождения организмов. Однако теория Дарвина принципиально позволяла рассматривать аналогию как проявление сходства, возникшего в результате приспособления к одинаковым условиям существования, на общей для всего животного мира основе строения и жизнедеятельности организмов, обусловленной их монофилетическим происхождением, т. е. не только в пределах класса, как осторожно считал Дарвин, но и в пределах всех типов многоклеточных животных. Естественно, возникает вопрос о методе определения и изучения аналогий, принимая во внимание их генеалогическое содержание. Сам Дарвин так резко этого вопроса не ставил и соображений о критериях и о методе изучения аналогий и тем более аналогий на тканевом и клеточном уровнях не высказал, и прошло не одно десятилетие, пока проблема конвергенции и параллелизма встала в гистологии с такой остротой, что заставила серьезно начать поиски метода изучения всего комплекса явлений тканевой эволюции. Тонкая диалектика дарвиновского анализа соотношения понятий аналогия и гомология не была понята его последователями. По словам Л. Я. Бляхера, среди последователей Дарвина получили распространение другие определения, в которых гомология решительно противопоставлялась аналогии.