Рекапитуляция понималась Хлопиным отнюдь не в духе биогенетического закона. Признание того, что онтогенез подвергался эволюционной перестройке, что в процессе эволюции изменялись все стадии индивидуального развития, как это утверждала теория филэмбриогенеза А. Н. Северцова, заставило гистологов осторожнее отнестись к закону и в особенности к важным для гистологии выводам, которые были сделаны Геккелем. В настоящее время рекапитуляциям в эмбриональном развитии уже невозможно придавать, особенно на ранних стадиях онтогенеза, того значения, которое им приписывалось прежде,- писал по этому поводу Хлопин. Важным элементом методологии эволюционной гистологии является определение критериев генеалогического родства тканей. Создание такого рода критериев шло медленно, с большими трудностями. Обширный фактический материал, накопленный сравнительной и эволюционной гистологией, заставил с осторожностью отнестись к принятым критериям филогенетической близости гистологических структур — их внешнему облику, способности клеток тканей к фагоцитозу и образованию межклеточных веществ. Как отметил Хлопин, внешний облик тканей не является сам по себе достаточно надежным критерием, ибо совершенно несходные клетки обнаруживают в некоторых случаях далеко идущее сходство. Не имеет тканевой специфичности способность к фагоцитозу. Точно так же не может служить абсолютным критерием родства клеток образование межклеточных веществ, служащее одним из элементарных свойств протоплазмы. Этот критический анализ заставлял вновь и вновь возвращаться к проблеме критериев родства тканей и искать надежные основания для суждения о филогенетических отношениях гистологических структур.