Непоследовательность Геккеля сказалась и в том, что вопреки провозглашенному им принципу классификации тканей на основе генетического подхода он принял классическую систему тканей (эпителии, соединительная, мышечная, нервная ткани, кровь), основанную на физиологическом принципе. Источником противоречий во взглядах Геккеля на эволюцию тканей Заварзин считал недостаточную изученность тканей и главным образом то, что в этой системе сопоставлены совершенно несравнимые вещи, причем некоторым из них дано неправильное филогенетическое толкование. Н. Г. Хлопин охарактеризовал филогенетическую систему тканей Геккеля как чисто логическое построение. По его словам, у Геккеля гистологические и эмбриологические представления объединяются лишь внешне, но не по существу и не обосновываются новым фактическим материалом. Формалистичным является взгляд Геккеля на зародышевые листки как эпителии и на эпителии как родоначальные ткани. Строго оценивая воззрения Геккеля, Заварзин и Хлопин отдавали должное его попытке ввести в гистологию исторический метод. Эволюционные вопросы в отношении тканей были принципиально поставлены, кажется, только один раз,- писал Заварзин,- а именно Геккелем, и с тех пор, если не считать весьма пессимистического выступления Эбнера в 1911 г., не ставились во всем объеме вплоть до нашего времени. Плодотворной оказалась мысль Геккеля о применении принципа рекапитуляции к тканевым структурам. Удачной считал Хлопин геккелевскую классификацию эпителиальных тканей позвоночных. Несмотря на скептическое отношение к геккелевской концепции эволюции тканей, интерес исследователей к вопросам эволюции гистологических структур не угасал.